Để đề cao Nho giáo, các vua đời Lê sơ đã hạn chế, kiểm soát những tôn giáo phi chính thống như Phật và Đạo, lấy cớ là “sợ lòng người lay động, phân tán”. Lê Thái Tổ quy định sư tăng phải trên 50 tuổi, phải qua kỳ thi khảo hạnh, nếu trượt phải hoàn tục. Nhà Lê còn cấm quý tộc quan lại xây chùa mới, hạn chế việc đi lại của sư tăng.
Tuy không được nhà nước khuyến khích, nhưng đạo Phật đời Lê vẫn tồn tại trong xã hội, được mọi giới thừa nhận, nhất là nhân dân. Sau đây là một số ngôi chùa được xây dựng trong thời kỳ này ở Thăng Long.
Chùa Quán Sứ
Chùa Quán Sứ được xây dựng vào thế kỷ XV nằm trên địa phận thôn An Tập, phường Cổ Vũ, tổng Tiền Nghiêm (sau đổi là tổng Vĩnh Xương), huyện Thọ Xương; ngày nay là phố Quán Sứ, quận Hoàn Kiếm, thủ đô Hà Nội. Nguyên xưa ở phường này chưa có chùa, chỉ có mấy gian nhà tranh ở phía Nam, dân làng dùng làm chỗ tế thần cầu yên gọi là xóm An Tập. Theo sách Hoàng Lê Nhất Thống Chí, vào thời vua Lê Thế Tông, các nước Chiêm Thành, Ai Lao thường cử sứ giả sang triều cống nước ta. Nhà vua cho dựng một tòa nhà gọi là Quán Sứ để tiếp đón các sứ thần đến Thăng Long. Vì sứ thần các nước này đều sùng đạo Phật nên lại dựng thêm một ngôi chùa cũng nằm trong khuôn viên Quán Sứ để họ có điều kiện hành lễ. Sau này công quán bị huỷ bỏ nhưng chùa vẫn được giữ lại.
Năm 1822, chùa được sửa sang lại làm chỗ lễ bái cho quân nhân. Năm 1827, Hòa thượng Thanh Phương ở Hà Sơn Bình đến trụ trì lo việc trùng tu, tô tượng, đúc chuông... Đệ tử của ngài là Văn Nghiêm lại cho đắp thêm 27 pho tượng. Năm 1934, Tổng hội Phật giáo Bắc Kỳ thành lập, chùa Quán Sứ được chọn làm trụ sở trung ương. Năm 1942,chùa đã được xây dựng lại. Nghệ thuật kiến trúc và trang trí kết hợp tất cả tinh hoa các đại già lam miền Bắc.
Chùa Quán Sứ có lẽ là một trong rất ít ngôi chùa ở nước ta mà tên chùa cũng như nhiều câu đối đều được viết bằng chữ quốc ngữ. Tam quan chùa có ba tầng mái, ở giữa là lầu chuông. Đi qua một sân gạch nhỏ, bước lên 11 bậc thềm là tới chánh điện. Điện Phật được bài trí trang nghiêm, các pho tượng đều khá lớn và thếp vàng lộng lẫy. Phía trong cùng, thờ ba vị Tam Thế Phật trên bậc cao nhất. Bậc kế tiếp thờ tượng Phật A-di-đà ở giữa, hai bên có tượng Quan Thế Âm và Đại Thế Chí. Bậc dưới đó, ở giữa thờ Phật Thích-ca, hai bên là A-nan-đà và Ca-diếp. Bậc thấp nhất, ở ngoài cùng có tòa Cửu Long đứng giữa tượng Quan Âm và Địa Tạng. Gian bên phải chánh điện thờ Lý Quốc Sư (tức Thiền sư Minh Không) với hai thị giả, gian bên trái thờ tượng Đức Ông và tượng Châu Sương, Quan Bình.
Chùa Linh Quang (Chùa Bà Đá)
Chùa thường được gọi là chùa Bà Đá, tọa lạc ở số 3 phố Nhà Thờ, quận Hoàn Kiếm, thành phố Hà Nội. Chùa được dựng vào thời Hậu Lê. Tương truyền Chúa Trịnh cho đào đất đắp thành, một người dân làng thấy một pho tượng Bà bằng đá liền dựng một miếu nhỏ để thờ. Về sau dân làng xây miếu thành chùa, nên ngôi chùa có tên "Bà Đá". Tượng đá ở chùa đã mất. Ngôi chùa hiện nay có hệ thống tượng ở điện Phật là những tác phẩm điêu khắc quí của thế kỷ XIX, chùa có hai đại hồng chung, một cái đúc năm 1823, một cái đúc năm 1881 và một khánh đúc năm 1842.
Chùa Đại Phúc
Chùa thường được gọi là chùa Ngọc Trục, tọa lạc ở thôn Ngọc Trục, xã Đại Mỗ, huyện Từ Liêm, thành phố Hà Nội, cách trung tâm thành phố 17km về phía Tây.
Chùa được dựng từ thời Hậu Lê và được trùng tu nhiều lần. Lần trùng tu mới nhất vào năm 1947 do Sư cụ Thích nữ Đàm Nhâm tổ chức. Ngôi chùa ngày nay vẫn còn mang một giá trị lớn về kiến trúc nghệ thuật. Từ ngoài vào, chùa có các công trình sau: cổng tam quan (còn gọi là cổng ngũ quan) xây hai tầng; nhà vuông (còn gọi là tam quan) được xây giữa cổng ngũ quan và chùa chính; ngôi chùa chính xây kiểu chữ "Đinh" gồm tiền đường và hậu cung. Chánh điện được bài trí trang nghiêm. Có 50 pho tượng tròn, trong đó có những pho tượng nổi bật là: tượng đức Phật Di lặc (cao 0,60m), tượng Tuyết Sơn (cao 0,56m, thế kỷ XIX), toà Cửu Long (thế kỷ XVIII) ,tượng Bồ tát Chuẩn đề...
Chùa Hưng Khánh
Chùa thường gọi là chùa Vua, tọa lạc ở phường Phố Huế, quận Hai Bà Trưng, thành phố Hà Nội. Chùa Vua là tên gọi chung của cụm di tích gồm chùa Hưng Khánh và điện Thiên Đế thờ Đế Thích, mặt hướng Đông Nam, được dựng vào đời Lê. Đế Thích theo Từ điển Phật học Hán Việt là vị chủ cõi trời Đao-lợi, thống lĩnh 33 vùng trời, thuộc thượng tầng cõi Trung giới, cao hơn trời Tứ Thiên Vương và thấp hơn trời Dạ-ma. Thần Đế Thích còn được truyền thuyết dân gian cho là bậc giỏi nhất trong nghệ thuật đánh cờ qua câu chuyện "Hồn Trương Ba, da hàng thịt" được lưu truyền rộng rãi. Cũng vì thế, lễ hội hàng năm của chùa vào đầu tháng giêng (các ngày 6, 7, 8 và 9 âm lịch) đều có tổ chức thi cờ ở sân trước cửa chùa. Ai đoạt giải 3 năm liền sẽ được ghi tên vào bia đá đặt tại nhà bia ở sát sân cờ.
Chùa Liên Phái
Chùa Liên Phái còn được gọi là chùa Liên Tôn, nằm trong ngõ Liên Phái, phố Bạch Mai (quận Hai Bà Trưng, Hà Nội). Một đặc điểm nổi bật so với các chùa ở Hà Nội là chùa Liên Phái có niên đại hơn 250 tuổi, hơn nữa, trong chùa còn có một ngôi tháp Cửu Sinh cũng có niên đại hơn 250 tuổi. Đây là ngôi tháp cổ nhất và có lai lịch rõ ràng nhất trong khu vực nội thành ở Hà Nội.
Sự tích về sư tổ ngôi tháp Cửu Sinh được kể lại như sau: Trịnh Thập sinh năm 1696, là con trai Tấn Quang Vương Trịnh Bính. Trịnh Thập lấy con gái thứ tễ vua Lê Hy Tông (1676-1705) được lập phủ riêng ở phường Hồng Mai (sau đổi tên là Bạch Mai). Một lần, Trịnh Thập cho đào đất ở gò cao sau nhà để xây bể cạn thì thấy trong lòng đất có một cái ngó sen (không thấy nói là bằng chất liệu gì). Trịnh Thập cho đó là dấu hiệu của Phật và tin rằng mình có duyên với đạo Phật. Ông bèn biến phủ đệ của mình thành chùa gọi là chùa Liên Tông, gọt tóc đi tu đồng thời trở thành vị tổ thứ nhất của chùa này. Trịnh Thập mất năm 37 tuổi (1733) hài cốt được táng trong ngôi tháp xây ở giữa gò, nơi dạo trước đã đào được ngó sen.
Chùa được xây dựng vào khoảng thế kỷ thứ 18, lúc mới xây dựng chùa có tên là Liên Hoa. Năm 1733 đổi tên là chùa Liên Tông. Đến năm 1840, vì phải kiêng tên húy vua Thiệu Trị, cho nên đổi tên chùa là chùa Liên Phái như ngày hôm nay.
Theo như tấm bia hiện còn ở trong chùa khắc vào năm Tự Đức thứ 10 (1857) thì chùa được xây dựng vào năm Bảo Thái thứ 7, tức năm 1726. Chùa đã được tu bổ nhiều lần, đợt tu bổ lớn nhất là vào năm Ất Mão 1855, đã tu bổ lại nhà tổ, nhà tầng, hành lang phải và trái, tô tượng Phật, v.v. hết một nghìn quan tiền công đức. Công việc này làm trong sáu năm trời mới hoàn thành. Đến năm Kỷ Tỵ 1869 lại làm thêm gác chuông, xây dựng tường bao quanh với quy mô rộng lớn. Hai bên cổng của chùa Liên Phái là hai hồ nước rộng. Ngay trước cổng là ngôi tháp Diệu Quang hình lục lăng cao mười tầng. Tiếp đến là nhà bia, có 34 tấm bia ghi lại sự tích của chùa và các lần tu bổ, trên tấm bia còn ghi tên những người đóng góp công đức tu bổ và xây dựng lại chùa.
Qua sân rộng là nhà bái đường và khu tam bảo, khu thờ phật. Từ tam bảo đi qua một sân nhỏ là đến nhà tổ. Sau chùa là khu vườn tháp được xây dựng trên một gò đất cao, có chín ngôi tháp xây thành ba hàng. Hàng thứ nhất có hai ngôi tháp. Hàng thứ hai ở giữa có năm ngôi tháp gồm những ngôi tháp cao, trong đó có ngôi tháp Cửu Sinh xây bằng đá. Hàng thứ ba có hai ngôi tháp. Ngoài ra, trong chùa còn có một ngọn tháp cao chín tầng kiến trúc đẹp xây dựng vào khoảng năm 1890.
Trong chùa Liên Phái, ngoài tượng Phật còn có tượng Thượng Sĩ Lân Giác, một quả chuông có chữ "Liên Tông tục diện" (nghĩa là Liên Tông kế tục sáng ngời) nét chữ thời Lê Trung Hưng. Theo như tấm bia dựng năm Tự Đức thứ 7 thì các đời sau của phái Liên Tông có: Sư Tổ thứ 2 là sư tổ Khai Sơn, sư Tổ thứ 3 là sư tổ Bảo Sơn, sư Tổ thứ 4 là sư Tổ Từ Phong...
Quy mô hiện nay của chùa hầu như không thay đổi gì mấy so với lần sửa chữa giữa thế kỷ 19. Chùa Liên Phái với tháp Cửu Sinh đã làm cho chùa có giá trị rất lớn.
Chùa Linh Tiên (Chùa Hội Xá)
Chùa thường gọi là chùa Hội Xá, toạ lạc ở thôn Hội Xá, xã Hội Xá, huyện Gia Lâm, thành phố Hà Nội, ở phía Nam bờ đê sông Đuống. Chùa trước đây thuộc phủ Thuận An, sau là tỉnh Bắc Ninh, đến năm 1961, mới thuộc Hà Nội. Chùa được tạo dựng từ lâu đời gắn với làng Hội Xá nằm trong địa bàn sinh tụ chính của cư dân Việt cổ thời dựng nước. Văn bia và hệ thống tượng của Phật điện cho biết chùa đã được trùng tu thế kỷ XVI, đợt tu sửa cuối cùng ghi trên bia là vào năm 1935. Chùa được xây dựng trên khu đất cao, mặt hướng Tây, gồm tiền đường và hậu cung kết cấu kiểu chữ "Đinh". Chùa có 12 tấm bia đá, trong đó 3 tấm bia có niên đại triều Lê và 9 tấm bia thuộc triều Nguyễn. Đại hồng chung có tên "Linh Tiên tự chung" đúc năm 1844. Bộ tượng Tam Thế Phật ở điện Phật có giá trị nghệ thuật cao, thuộc thế kỷ XVII-XVIII.
Chùa Phúc Khánh
Chùa thường được gọi là chùa Sở, tọa lạc số H.171, tổ 1, phường Thịnh Quang, quận Đống Đa, thành phố Hà Nội. Chùa nằm bên phải phố Tây Sơn, gần ngã tư Sở. Chùa được dựng vào thời Hậu Lê.
Tương truyền vào thời kỳ này, chùa là cơ sở đào tạo tăng tài cho Phật giáo, sau đó gặp cơn binh hỏa bị hư hỏng hoàn toàn. Có tài liệu cho chùa nằm trong khu vực diễn ra trận đánh Đống Đa năm 1789 nên bị đổ nát, sau được nhà sư Chiếu Liên xây dựng lại với sự hổ trợ của Đô đốc Trần Văn Lễ (thời Tây Sơn) đã từng ém quân ở chùa. Ông còn cho đúc quả đại hồng chung và pho tượng Cửu Long cúng chùa.
Chùa qua nhiều lần trùng tu, xây dựng. Năm 1950, dân làng đã góp công góp của xây dựng ngôi chùa ngày nay. Điện Phật được bài trí tôn nghiêm. ở đây có 20 pho tượng có giá trị nghệ thuật cao. Chùa có 21 tấm bia đá, tấm cổ nhất là năm 1698; 3 đại hồng chung, chuông cổ nhất đúc năm 1796; 14 bộ bao lam (cửa võng) và các đồ thờ khác như bát hương đồng, long ngai, nhang án... đều rất quý.
Chùa Tam Bảo
Chùa thường được gọi là chùa Tứ Liên, tọa lạc ở xã Tứ Liên, huyện Từ Liêm, thành phố Hà Nội. Chùa được dựng vào thời Hậu Lê. Tài liệu của chùa cho biết chùa được dựng vào đời Vua Lê Thần Tông, năm Đức Long thứ ba (1631). Chùa được trùng tu nhiều lần. Lần trùng tu mới nhất là vào năm 1992. Chánh điện được bài trí tôn nghiêm.
Chùa Thần Quang
Chùa thường được gọi là chùa Ngũ Xã, tọa lạc ở phường Trúc Bạch, quận Ba Đình, thành phố Hà Nội. Chùa được dựng vào thời Hậu Lê, giữa thế kỷ XVIII. Chùa thờ Phật và thờ Thiền sư Nguyễn Minh Không, tục truyền là tổ nghề đúc đồng. Năm 1952, chùa được xây dựng lại hoàn toàn. Tượng đức Phật A-di-đà bằng đồng ở chánh điện là pho tượng đồng lớn nhất nước ta hiện nay. Tượng được đúc từ năm 1949 đến năm 1952, cao 3,95m, nặng 10 tấn.
Chùa Thánh Ân
Chùa tọa lạc ở thôn Đào Xuyên, xã Đa Tốn, huyện Gia Lâm, ngoại thành Hà Nội. Chùa được dựng vào thời Lê và đã được trùng tu nhiều lần. Lần thứ nhất do cung tần vương phủ Hoàng Thị Ngọc Nhật làm hội chủ hưng công vào năm 1632, xây ngôi chùa quy mô hoành tráng. Lần thứ hai do Sư Giác Viên tổ chức trùng tu, mở rộng vào năm 1863. Lần thứ ba, nhà sư Thông Mệnh tổ chức đại trùng tu vào những năm 1920 - 1930. Ngài Thích Quảng Kính trụ trì hiện nay đã tổ chức trùng tu vào năm 1988, xây tam quan năm 1991. Chùa còn nhiều hiện vật cổ như 2 tấm bia đá (thế kỷ XVII), đại hồng chung (năm 1872), bình hương gốm cao 0,40m (thế kỷ XVI), lư hương đồng (thế kỷ XIX). Đặc sắc nhất ở chánh điện là tượng Bồ tát Quán Thế Âm thiên thủ thiên nhãn ngồi trên tòa sen. Tượng cao 1,32m, cả bệ cao 2,55m, tạc bằng gỗ mít, phủ sơn thếp vàng, thế kỷ XVI.
Chùa Trùng Nghiêm (Chùa Keo)
Chùa thường gọi là chùa Keo, tọa lạc ở làng Keo thuộc xã Kim Sơn, huyện Gia Lâm, ngoại thành Hà Nội. Chùa được xây dựng vào thời Hậu Lê. Tương truyền chùa có vào đầu Công nguyên cùng với hệ thống chùa Tứ Pháp: Pháp Vân, Pháp Vũ, Pháp Lôi, Pháp Điện qua huyền tích Man Nương: khi tạc cây đa cổ thụ thành tượng Bà Dâu, Bà Đậu, Bà Tướng, Bà Dàn thì còn dư một khúc cây, người ta tạc tượng Bà Keo là em út thờ ở chùa làng Keo, gần làng Dâu thờ bốn bà chị. Chùa còn một số di tích cổ như đại hồng chung, khánh. Ơở điện Phật có tượng Bồ tát Quan Âm Thiên thủ Thiên nhãn cao 1,37m và tượng Bà Keo cao 1,40m ngang gối 0,67m.
Lê Thái Tổ quy định sư tăng phải trên 50 tuổi, phải qua kỳ thi khảo hạnh, nếu trượt phải hoàn tục. Nhà Lê còn cấm quý tộc quan lại xây chùa mới, hạn chế việc đi lại của sư tăng.
Tuy không được nhà nước khuyến khích, nhưng đạo Phật đời Lê vẫn tồn tại trong xã hội, được mọi giới thừa nhận, nhất là nhân dân. Sau đây là một số ngôi chùa được xây dựng trong thời kỳ này ở Thăng Long.
Chùa Quán Sứ
Chùa Quán Sứ được xây dựng vào thế kỷ XV nằm trên địa phận thôn An Tập, phường Cổ Vũ, tổng Tiền Nghiêm (sau đổi là tổng Vĩnh Xương), huyện Thọ Xương; ngày nay là phố Quán Sứ, quận Hoàn Kiếm, thủ đô Hà Nội. Nguyên xưa ở phường này chưa có chùa, chỉ có mấy gian nhà tranh ở phía Nam, dân làng dùng làm chỗ tế thần cầu yên gọi là xóm An Tập. Theo sách Hoàng Lê Nhất Thống Chí, vào thời vua Lê Thế Tông, các nước Chiêm Thành, Ai Lao thường cử sứ giả sang triều cống nước ta. Nhà vua cho dựng một tòa nhà gọi là Quán Sứ để tiếp đón các sứ thần đến Thăng Long. Vì sứ thần các nước này đều sùng đạo Phật nên lại dựng thêm một ngôi chùa cũng nằm trong khuôn viên Quán Sứ để họ có điều kiện hành lễ. Sau này công quán bị huỷ bỏ nhưng chùa vẫn được giữ lại.
Năm 1822, chùa được sửa sang lại làm chỗ lễ bái cho quân nhân. Năm 1827, Hòa thượng Thanh Phương ở Hà Sơn Bình đến trụ trì lo việc trùng tu, tô tượng, đúc chuông... Đệ tử của ngài là Văn Nghiêm lại cho đắp thêm 27 pho tượng. Năm 1934, Tổng hội Phật giáo Bắc Kỳ thành lập, chùa Quán Sứ được chọn làm trụ sở trung ương. Năm 1942,chùa đã được xây dựng lại. Nghệ thuật kiến trúc và trang trí kết hợp tất cả tinh hoa các đại già lam miền Bắc.
Chùa Quán Sứ có lẽ là một trong rất ít ngôi chùa ở nước ta mà tên chùa cũng như nhiều câu đối đều được viết bằng chữ quốc ngữ. Tam quan chùa có ba tầng mái, ở giữa là lầu chuông. Đi qua một sân gạch nhỏ, bước lên 11 bậc thềm là tới chánh điện. Điện Phật được bài trí trang nghiêm, các pho tượng đều khá lớn và thếp vàng lộng lẫy. Phía trong cùng, thờ ba vị Tam Thế Phật trên bậc cao nhất. Bậc kế tiếp thờ tượng Phật A-di-đà ở giữa, hai bên có tượng Quan Thế Âm và Đại Thế Chí. Bậc dưới đó, ở giữa thờ Phật Thích-ca, hai bên là A-nan-đà và Ca-diếp. Bậc thấp nhất, ở ngoài cùng có tòa Cửu Long đứng giữa tượng Quan Âm và Địa Tạng. Gian bên phải chánh điện thờ Lý Quốc Sư (tức Thiền sư Minh Không) với hai thị giả, gian bên trái thờ tượng Đức Ông và tượng Châu Sương, Quan Bình.
Chùa Linh Quang (Chùa Bà Đá)
Chùa thường được gọi là chùa Bà Đá, tọa lạc ở số 3 phố Nhà Thờ, quận Hoàn Kiếm, thành phố Hà Nội. Chùa được dựng vào thời Hậu Lê. Tương truyền Chúa Trịnh cho đào đất đắp thành, một người dân làng thấy một pho tượng Bà bằng đá liền dựng một miếu nhỏ để thờ. Về sau dân làng xây miếu thành chùa, nên ngôi chùa có tên "Bà Đá". Tượng đá ở chùa đã mất. Ngôi chùa hiện nay có hệ thống tượng ở điện Phật là những tác phẩm điêu khắc quí của thế kỷ XIX, chùa có hai đại hồng chung, một cái đúc năm 1823, một cái đúc năm 1881 và một khánh đúc năm 1842.
Chùa Đại Phúc
Chùa thường được gọi là chùa Ngọc Trục, tọa lạc ở thôn Ngọc Trục, xã Đại Mỗ, huyện Từ Liêm, thành phố Hà Nội, cách trung tâm thành phố 17km về phía Tây.
Chùa được dựng từ thời Hậu Lê và được trùng tu nhiều lần. Lần trùng tu mới nhất vào năm 1947 do Sư cụ Thích nữ Đàm Nhâm tổ chức. Ngôi chùa ngày nay vẫn còn mang một giá trị lớn về kiến trúc nghệ thuật. Từ ngoài vào, chùa có các công trình sau: cổng tam quan (còn gọi là cổng ngũ quan) xây hai tầng; nhà vuông (còn gọi là tam quan) được xây giữa cổng ngũ quan và chùa chính; ngôi chùa chính xây kiểu chữ "Đinh" gồm tiền đường và hậu cung. Chánh điện được bài trí trang nghiêm. Có 50 pho tượng tròn, trong đó có những pho tượng nổi bật là: tượng đức Phật Di lặc (cao 0,60m), tượng Tuyết Sơn (cao 0,56m, thế kỷ XIX), toà Cửu Long (thế kỷ XVIII) ,tượng Bồ tát Chuẩn đề...
Chùa Hưng Khánh
Chùa thường gọi là chùa Vua, tọa lạc ở phường Phố Huế, quận Hai Bà Trưng, thành phố Hà Nội. Chùa Vua là tên gọi chung của cụm di tích gồm chùa Hưng Khánh và điện Thiên Đế thờ Đế Thích, mặt hướng Đông Nam, được dựng vào đời Lê. Đế Thích theo Từ điển Phật học Hán Việt là vị chủ cõi trời Đao-lợi, thống lĩnh 33 vùng trời, thuộc thượng tầng cõi Trung giới, cao hơn trời Tứ Thiên Vương và thấp hơn trời Dạ-ma. Thần Đế Thích còn được truyền thuyết dân gian cho là bậc giỏi nhất trong nghệ thuật đánh cờ qua câu chuyện "Hồn Trương Ba, da hàng thịt" được lưu truyền rộng rãi. Cũng vì thế, lễ hội hàng năm của chùa vào đầu tháng giêng (các ngày 6, 7, 8 và 9 âm lịch) đều có tổ chức thi cờ ở sân trước cửa chùa. Ai đoạt giải 3 năm liền sẽ được ghi tên vào bia đá đặt tại nhà bia ở sát sân cờ.
Chùa Liên Phái
Chùa Liên Phái còn được gọi là chùa Liên Tôn, nằm trong ngõ Liên Phái, phố Bạch Mai (quận Hai Bà Trưng, Hà Nội). Một đặc điểm nổi bật so với các chùa ở Hà Nội là chùa Liên Phái có niên đại hơn 250 tuổi, hơn nữa, trong chùa còn có một ngôi tháp Cửu Sinh cũng có niên đại hơn 250 tuổi. Đây là ngôi tháp cổ nhất và có lai lịch rõ ràng nhất trong khu vực nội thành ở Hà Nội.
Sự tích về sư tổ ngôi tháp Cửu Sinh được kể lại như sau: Trịnh Thập sinh năm 1696, là con trai Tấn Quang Vương Trịnh Bính. Trịnh Thập lấy con gái thứ tễ vua Lê Hy Tông (1676-1705) được lập phủ riêng ở phường Hồng Mai (sau đổi tên là Bạch Mai). Một lần, Trịnh Thập cho đào đất ở gò cao sau nhà để xây bể cạn thì thấy trong lòng đất có một cái ngó sen (không thấy nói là bằng chất liệu gì). Trịnh Thập cho đó là dấu hiệu của Phật và tin rằng mình có duyên với đạo Phật. Ông bèn biến phủ đệ của mình thành chùa gọi là chùa Liên Tông, gọt tóc đi tu đồng thời trở thành vị tổ thứ nhất của chùa này. Trịnh Thập mất năm 37 tuổi (1733) hài cốt được táng trong ngôi tháp xây ở giữa gò, nơi dạo trước đã đào được ngó sen.
Chùa được xây dựng vào khoảng thế kỷ thứ 18, lúc mới xây dựng chùa có tên là Liên Hoa. Năm 1733 đổi tên là chùa Liên Tông. Đến năm 1840, vì phải kiêng tên húy vua Thiệu Trị, cho nên đổi tên chùa là chùa Liên Phái như ngày hôm nay.
Theo như tấm bia hiện còn ở trong chùa khắc vào năm Tự Đức thứ 10 (1857) thì chùa được xây dựng vào năm Bảo Thái thứ 7, tức năm 1726. Chùa đã được tu bổ nhiều lần, đợt tu bổ lớn nhất là vào năm Ất Mão 1855, đã tu bổ lại nhà tổ, nhà tầng, hành lang phải và trái, tô tượng Phật, v.v. hết một nghìn quan tiền công đức. Công việc này làm trong sáu năm trời mới hoàn thành. Đến năm Kỷ Tỵ 1869 lại làm thêm gác chuông, xây dựng tường bao quanh với quy mô rộng lớn. Hai bên cổng của chùa Liên Phái là hai hồ nước rộng. Ngay trước cổng là ngôi tháp Diệu Quang hình lục lăng cao mười tầng. Tiếp đến là nhà bia, có 34 tấm bia ghi lại sự tích của chùa và các lần tu bổ, trên tấm bia còn ghi tên những người đóng góp công đức tu bổ và xây dựng lại chùa.
Qua sân rộng là nhà bái đường và khu tam bảo, khu thờ phật. Từ tam bảo đi qua một sân nhỏ là đến nhà tổ. Sau chùa là khu vườn tháp được xây dựng trên một gò đất cao, có chín ngôi tháp xây thành ba hàng. Hàng thứ nhất có hai ngôi tháp. Hàng thứ hai ở giữa có năm ngôi tháp gồm những ngôi tháp cao, trong đó có ngôi tháp Cửu Sinh xây bằng đá. Hàng thứ ba có hai ngôi tháp. Ngoài ra, trong chùa còn có một ngọn tháp cao chín tầng kiến trúc đẹp xây dựng vào khoảng năm 1890.
Trong chùa Liên Phái, ngoài tượng Phật còn có tượng Thượng Sĩ Lân Giác, một quả chuông có chữ "Liên Tông tục diện" (nghĩa là Liên Tông kế tục sáng ngời) nét chữ thời Lê Trung Hưng. Theo như tấm bia dựng năm Tự Đức thứ 7 thì các đời sau của phái Liên Tông có: Sư Tổ thứ 2 là sư tổ Khai Sơn, sư Tổ thứ 3 là sư tổ Bảo Sơn, sư Tổ thứ 4 là sư Tổ Từ Phong...
Quy mô hiện nay của chùa hầu như không thay đổi gì mấy so với lần sửa chữa giữa thế kỷ 19. Chùa Liên Phái với tháp Cửu Sinh đã làm cho chùa có giá trị rất lớn.
Chùa Linh Tiên (Chùa Hội Xá)
Chùa thường gọi là chùa Hội Xá, toạ lạc ở thôn Hội Xá, xã Hội Xá, huyện Gia Lâm, thành phố Hà Nội, ở phía Nam bờ đê sông Đuống. Chùa trước đây thuộc phủ Thuận An, sau là tỉnh Bắc Ninh, đến năm 1961, mới thuộc Hà Nội. Chùa được tạo dựng từ lâu đời gắn với làng Hội Xá nằm trong địa bàn sinh tụ chính của cư dân Việt cổ thời dựng nước. Văn bia và hệ thống tượng của Phật điện cho biết chùa đã được trùng tu thế kỷ XVI, đợt tu sửa cuối cùng ghi trên bia là vào năm 1935. Chùa được xây dựng trên khu đất cao, mặt hướng Tây, gồm tiền đường và hậu cung kết cấu kiểu chữ "Đinh". Chùa có 12 tấm bia đá, trong đó 3 tấm bia có niên đại triều Lê và 9 tấm bia thuộc triều Nguyễn. Đại hồng chung có tên "Linh Tiên tự chung" đúc năm 1844. Bộ tượng Tam Thế Phật ở điện Phật có giá trị nghệ thuật cao, thuộc thế kỷ XVII-XVIII.
Chùa Phúc Khánh
Chùa thường được gọi là chùa Sở, tọa lạc số H.171, tổ 1, phường Thịnh Quang, quận Đống Đa, thành phố Hà Nội. Chùa nằm bên phải phố Tây Sơn, gần ngã tư Sở. Chùa được dựng vào thời Hậu Lê.
Tương truyền vào thời kỳ này, chùa là cơ sở đào tạo tăng tài cho Phật giáo, sau đó gặp cơn binh hỏa bị hư hỏng hoàn toàn. Có tài liệu cho chùa nằm trong khu vực diễn ra trận đánh Đống Đa năm 1789 nên bị đổ nát, sau được nhà sư Chiếu Liên xây dựng lại với sự hổ trợ của Đô đốc Trần Văn Lễ (thời Tây Sơn) đã từng ém quân ở chùa. Ông còn cho đúc quả đại hồng chung và pho tượng Cửu Long cúng chùa.
Chùa qua nhiều lần trùng tu, xây dựng. Năm 1950, dân làng đã góp công góp của xây dựng ngôi chùa ngày nay. Điện Phật được bài trí tôn nghiêm. ở đây có 20 pho tượng có giá trị nghệ thuật cao. Chùa có 21 tấm bia đá, tấm cổ nhất là năm 1698; 3 đại hồng chung, chuông cổ nhất đúc năm 1796; 14 bộ bao lam (cửa võng) và các đồ thờ khác như bát hương đồng, long ngai, nhang án... đều rất quý.
Chùa Tam Bảo
Chùa thường được gọi là chùa Tứ Liên, tọa lạc ở xã Tứ Liên, huyện Từ Liêm, thành phố Hà Nội. Chùa được dựng vào thời Hậu Lê. Tài liệu của chùa cho biết chùa được dựng vào đời Vua Lê Thần Tông, năm Đức Long thứ ba (1631). Chùa được trùng tu nhiều lần. Lần trùng tu mới nhất là vào năm 1992. Chánh điện được bài trí tôn nghiêm.
Chùa Thần Quang
Chùa thường được gọi là chùa Ngũ Xã, tọa lạc ở phường Trúc Bạch, quận Ba Đình, thành phố Hà Nội. Chùa được dựng vào thời Hậu Lê, giữa thế kỷ XVIII. Chùa thờ Phật và thờ Thiền sư Nguyễn Minh Không, tục truyền là tổ nghề đúc đồng. Năm 1952, chùa được xây dựng lại hoàn toàn. Tượng đức Phật A-di-đà bằng đồng ở chánh điện là pho tượng đồng lớn nhất nước ta hiện nay. Tượng được đúc từ năm 1949 đến năm 1952, cao 3,95m, nặng 10 tấn.
Chùa Thánh Ân
Chùa tọa lạc ở thôn Đào Xuyên, xã Đa Tốn, huyện Gia Lâm, ngoại thành Hà Nội. Chùa được dựng vào thời Lê và đã được trùng tu nhiều lần. Lần thứ nhất do cung tần vương phủ Hoàng Thị Ngọc Nhật làm hội chủ hưng công vào năm 1632, xây ngôi chùa quy mô hoành tráng. Lần thứ hai do Sư Giác Viên tổ chức trùng tu, mở rộng vào năm 1863. Lần thứ ba, nhà sư Thông Mệnh tổ chức đại trùng tu vào những năm 1920 - 1930. Ngài Thích Quảng Kính trụ trì hiện nay đã tổ chức trùng tu vào năm 1988, xây tam quan năm 1991. Chùa còn nhiều hiện vật cổ như 2 tấm bia đá (thế kỷ XVII), đại hồng chung (năm 1872), bình hương gốm cao 0,40m (thế kỷ XVI), lư hương đồng (thế kỷ XIX). Đặc sắc nhất ở chánh điện là tượng Bồ tát Quán Thế Âm thiên thủ thiên nhãn ngồi trên tòa sen. Tượng cao 1,32m, cả bệ cao 2,55m, tạc bằng gỗ mít, phủ sơn thếp vàng, thế kỷ XVI.
Chùa Trùng Nghiêm (Chùa Keo)
Chùa thường gọi là chùa Keo, tọa lạc ở làng Keo thuộc xã Kim Sơn, huyện Gia Lâm, ngoại thành Hà Nội. Chùa được xây dựng vào thời Hậu Lê. Tương truyền chùa có vào đầu Công nguyên cùng với hệ thống chùa Tứ Pháp: Pháp Vân, Pháp Vũ, Pháp Lôi, Pháp Điện qua huyền tích Man Nương: khi tạc cây đa cổ thụ thành tượng Bà Dâu, Bà Đậu, Bà Tướng, Bà Dàn thì còn dư một khúc cây, người ta tạc tượng Bà Keo là em út thờ ở chùa làng Keo, gần làng Dâu thờ bốn bà chị. Chùa còn một số di tích cổ như đại hồng chung, khánh. Ơở điện Phật có tượng Bồ tát Quan Âm Thiên thủ Thiên nhãn cao 1,37m và tượng Bà Keo cao 1,40m ngang gối 0,67m.