Khoảng 3 giờ ngày 15.8.2007, tại chùa Dơi xảy ra vụ hoả hoạn làm cháy gần như hoàn toàn ngôi chánh điện có tuổi thọ trên 400 năm. Hàng nghìn người dân, nhất là Phật tử Khmer trong vùng ngỡ ngàng vì đây là ngôi chùa nổi tiếng cả nước, được xếp hạng di tích quốc gia. Người ta lo sợ những con dơi xung quanh bay mất. Tuy nhiên, điều này không xảy ra. Những con dơi làm nên sự nổi tiếng của ngôi chùa vẫn bám trên những cành cây xung quanh chùa.

Một kế hoạch phục tráng ngôi chánh điện được UBND tỉnh Sóc Trăng giao cho Sở VHTT, nay là Sở VHTTDL  thực hiện. Ông Trần A Quăng - Giám đốc Sở VHTTDL Sóc Trăng - cho biết: Cái khó nhất là những bức hoành phi, đông, tây lang và những kiến trúc bên trong đều cháy sém. Một số cháy rụi. Tất cả không có bản vẽ để lại cũng như không truy được nguồn gốc những nghệ nhân làm nên ngôi chùa này.

Nhiều phương án được đưa ra tham khảo, cuối cùng Viện Bảo tồn di tích cam kết sẽ phục dựng lại hoàn toàn ngôi chánh điện như cũ. Vậy là ngày 26.6.2008, dự án phục tráng chánh điện chùa Dơi được khởi công với tổng vốn đầu tư trên 2,6 tỉ đồng.

Sau 360 ngày thi công, đầu năm 2010, chánh điện chùa Dơi chính thức được hoàn thành. Từ ngày 5-7.3, Sở VHTTDL, Hội Đoàn kết sư sãi yêu nước tỉnh Sóc Trăng chính thức tổ chức lễ kiết giới sây ma (lễ khánh thành) chánh điện chùa Dơi. Ngay từ chiều, hàng nghìn người từ các tỉnh ĐBSCL đổ về khu vực chùa Dơi để dự lễ. Ai cũng muốn tận mắt chứng kiến ngôi chánh điện mới.

Anh Lâm Ren, xã Mỹ Phước, huyện Vĩnh Châu, Sóc Trăng, vượt trên 30 km cùng gia đình đến viếng chùa, cho biết: “Ngôi chánh điện được phục tráng lại y như cũ, chúng tôi mừng lắm, rủ cả gia đình lên viếng chùa, cúng Phật đầu năm, mong cho vụ mùa năm nay thuận lợi”.

Từ tỉnh Trà Vinh, anh Tăng Thanh Hùng bắt xe từ sáng đến 5 giờ chiều mới tới khu vực chùa Dơi. Anh cho biết: “Nghe ngôi chánh điện được làm xong, tui đến đây, trước cúng Phật, sau tham quan ngôi chánh điện mới”.

Quang cảnh chùa Dơi.

Đại đức Lâm Tú Linh - Phó trụ trì chùa Dơi - cho biết: “Chùa bị cháy, nhưng đời sống phật tử còn nhiều khó khăn, nhờ sự hỗ trợ của Nhà nước trên 2,6 tỉ đồng và các cán bộ văn hóa phục dựng lại như cũ, chúng tôi rất mừng”.

Theo Ban tổ chức, có khoảng trên 10.000 lượt người đến viếng chùa Dơi nhân lễ khánh thành ngôi chánh điện. Để tạo điều kiện thuận lợi cho khách thập phương đến viếng, Ban tổ chức tạm “quy hoạch” khoảnh đất trên 5ha dùng để giữ xe, mua bán thức ăn, hàng lưu niệm và bố trí lực lượng canh gác cẩn thận, trách ùn tắc giao thông.